Die Unternehmenszeit umfasst den Nationalsozialismus, der von 1933 bis 1945 andauerte. Im dritten Reich war Wayss & Freytag an der Ausführung verschiedener, unter anderem militärischer, Großprojekte beteiligt. Das Unternehmen setzte dazu auch Zwangsarbeiter und KZ-Insassen ein.
Wayss & Freytag ist sich seiner historischen und moralischen Verantwortung bewusst. Im Jahr 2002 schlossen wir uns als Geste der Versöhnung der Stiftungsinitiative der deutschen Bauindustrie zur Entschädigung von Zwangsarbeitern an.